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在臺東教會成立之前，市區的真教會信徒很少，只能到市郊的大橋（原卑南）教會聚會，但路途遙遠極為不便。當時自己一人住的葉阿有老姐妹，遂提供其住家作為聚會場所，並由太麻里教會搬到市區的黃萬終弟兄協助領會，開始了家庭聚會且對外佈道，這便是臺東教會的前身。
由於聖靈的帶領與同工，慕道歸主的人數日漸增多，加上外地又遷來多戶同靈，於是1966年7月在華源教會的協助下，購得光明路15號的二層樓房，整修設備後呈報總會，成立臺東教會。
教會成立後聖靈繼續同工，神蹟奇事大大彰顯。當時教會像醫院一樣，許多重病的人前來慕道，神也以慈愛憐憫的手醫治他們──流鼻血得痊癒、腎臟病得醫治、前列腺炎得痊癒，此外還有蒙恩得子的見證，諸多神蹟顯明，名聲傳遍臺東市區。連醫學檢驗局也介紹病人到本會慕道，信而歸主的人因而大大增添，原有的會堂在安息日聚會時已無法容納。
1976年6月蒙主巧妙的安排，買下光明路31號（現址）70坪土地，開始規劃興建會堂。當時建堂基金只有70萬，計畫要建造300萬的會堂，因此全體同靈熱心奉獻，相信耶和華以勒，主必預備！後來工程發包給同是基督徒的工程師，因為是蓋神的會堂，所以他也很用心的設計建造。
1979年3月18日獻堂，新會堂高大輝煌，是一座四層樓鋼筋水泥的建築，在光明路上使主耶穌的名大得榮耀。獻堂後聖靈繼續帶領，慕道者及信徒不斷增加。發展多年之後，重大活動或靈恩佈道會時，會堂又顯得擁擠了，在神的眷顧及安排下，2003年分設了東光教會。
會堂使用多年後，各項設備略顯老舊且不易修理，遂於2016年1月經信徒會議，通過會堂一至四樓重新翻修，拆除內部原本的隔間進行重整翻新裝潢，同年整修完工並於10月23日舉辦「飛颺五十」感恩特別聚會。
目前教會在籍人數268名，安息日聚會約130名上下。事工組織設有七股負責及相關組別；常設詩班有臺東詩班、米利暗詩班及小驢駒詩班等；宗教教育設有幼稚班、幼年班、少年班及初、中級班，本學年教員有23名，學員有39名；另有長青喜樂團契、中堅團契、社青團契及臺東大專團契等。
為執行離島宣道政策，近年在綠島進行購地、建築及推展生命教育等福音開拓事工，承蒙總會、東南區各教會及全國各地信徒的關心協助及代禱，事工多有進展，願神賜福帶領，使臺東教會能更茁壯長進，期望再分設新的福音據點，大大榮耀耶穌的聖名！
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